Die gesamte Pflanze, vorwiegend aber die Zwiebel enthalten verschiedene Alkaloide, unter anderem das Lycorin.
Vergiftungen sind durch eine Verwechslung der Narzissenzwiebel mit der Küchenzwiebel möglich, aber auch das Blumenwasser ist giftig. Der Saft der Narzissen wirkt auch äußerlich auf die Haut (Narzissendermatitis)
Die Vergiftungssymptome sind Magen- und Darmbeschwerden, Übelkeit, Durchfall, Krämpfe, Zittern sowie Herzrhythmusstörungen.
Bei Hunden können bereits 15 g der frischen Zwiebel zum Tod führen